Poziom innowacyjności gospodarki i zdolność do transferu technologii decydują o jej konkurencyjności, a więc - w dłuższym okresie - o poziomie życia ludzi. Z tego też względu dziedziny innowacji i transferu technologii znajdują się w centrum uwagi władz publicznych, co znajduje wyraz w konkretnych przedsięwzięciach, np. w tworzonych na poziomie województw Regionalnych Strategiach Innowacji (RIS). W obrębie tego obszaru MSAP interesują zwłaszcza następujące zagadnienia: mechanizmy wspierające rozwój innowacji i ułatwiające transfer technologii, ze szczególnym uwzględnieniem roli sektora publicznego, analiza zdolności firm do wprowadzania innowacji oraz wspieranie regionalnych systemów innowacyjnych.

MSAP aktywnie uczestniczy w realizacji celów zapisanych w małopolskiej Regionalnej Strategii Innowacji. W przyszłości MSAP planuje kontynuację zaangażowania w projektach badawczo-wdrożeniowych realizujących założenia RIS, opracowanie autorskiego programu audytu innowacyjnego, monitorowanie realizacji założeń polityki innowacyjnej na szczeblu regionalnym, a także prowadzenie kształcenia profilowanego w zakresie problematyki transferu technologii i innowacyjności.